Εκτός ενάλιου αρχαιολογικού χώρου τίθενται οι περιοχές του λιμένα, νέου και παλιού, της Ελαφονήσου, καθώς και του αντίπερα μώλου της Πούντας, σύμφωνα με γνωμοδότηση του Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου.
Όπως ειπώθηκε στο ΚΑΣ, η εξαίρεση των δύο σημείων γίνεται για λόγους δυνατότητας αναβάθμισης των λιμενικών εγκαταστάσεων, ενώ τονίστηκε ότι στις περιοχές αυτές δεν έχουν βρεθεί αρχαία.
Επίσης, σύμφωνα με τη νέα οριοθέτηση, αρχαιολογικός χώρος κηρύσσεται και η παραλία της Πούντας, όπου η πρόσφατη έρευνα έχει φέρει στο φως αρχαίους τάφους